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据《广州保税区志》记载：1990年12月15日，广东省人民政府向国务院转报广州市人民政府《关于在广州经济技术开发区内建立保税区的请示报告》。
20世纪80年代以来，特别是90年代以后，自北美自由贸易区建立，初步形成一体化共同市场之后，自由贸易区以燎原之势向全世界蔓延和扩张，成为世界经济一体化的助推器。为了顺应世界经济全球化、贸易自由化的大趋势，中国在1988年加入世界公认的国际海关领域基础性公约——《京都公约》（全称《关于简化和协调海关业务制度的公约》）。1990年9月12日，在上海外高桥试办中国第一个具有自由贸易区性质的保税区。保税区是中国继经济特区、开发区取得显着成果后，诞生的特殊经济区，按照国际惯例办事，与世界接轨，具有政策优惠，根本目的是带动地区经济发展、扩大就业，使之成为当地外向型经济新的增长点。
广州经济技术开发区闻风而动。从1990年开始，广州经济技术开发区管委会筹划在北围小区1.4平方公里范围内建设按国际惯例管理的保税区。同年12月15日，广州市向广东省人民政府呈报了《关于在广州经济技术开发区内设立保税区的请示》。同年12月26日，广东省人民政府向国务院转报了广州市人民政府的《关于在广州经济技术开发区内建立保税区的请示》。
1991年5月13日，时任广州保税区筹备领导小组组长雷宇和办公室主任刘文哲，肩负重任前往北京向国务院特区办汇报工作，旨在尽快为广州保税区的筹建争取到国家层面的支持与批复。此时，国务院特区办也在考虑如何让各保税区在国务院文件正式印发前先着手准备前期工作。有人提出，可以在不涉及国家大政策的前提下，仿照对重大项目立项和前期工作的批准办法，形成一个程序文件。大家认为这是一个良策，商定由广州市政府草拟前期准备工作请示，报特区办批准，各保税区均按此办理。雷宇和刘文哲了解这一做法后，即刻在返回广州的飞机上，刘文哲就着手起草请示报告，雷宇同志即时签发。
5月14日一早，刘文哲再次飞赴北京，征询国务院特区办对这份请示报告的意见。国务院特区办惊叹于广州保税区的高效行动，并对这份报告表示认可。得到肯定后，刘文哲立刻启程返回广州取正式报告。临行前，国务院特区办副主任说，如果能在5月15日的国务院特区办主任办公会前把这份报告送过来，就能在会议上审批了。
5月14日，为了赶上会议，刘文哲回到广州后马不停蹄前往广州市政府拿正式报告，然后直奔白云机场。可惜天公不作美，广州下起倾盆大雨，司机开车途径广州环市路隧道时，水已经淹到水箱盖了。刘文哲和司机看着眼前的场景，深知时间的重要性，毅然坚定前行，一声“冲！”，两人将车开了过去，幸好最终成功到达白云机场，5月14日第二次飞往北京。
历经两天三进京，5月15日一早，在国务院特区办工作人员上班前提交了《广州市试办保税区有关问题的请示》，当天国务院特区办作出批复，明确“国务院原则同意在天津、深圳、广州、大连等城市试办保税区，分步实施。每个保税区的初期规模一般为一平方公里左右，要逐个办理审批手续。为加快保税区的筹建，同意广州市先行开展保税区前期准备工作。”
1992年5月13日，国务院对广东省人民政府报送的《转报广州市人民政府关于在广州经济技术开发区内建立保税区的请示》作出批示：同意在广州经济技术开发区东北部的北围二分区内设立广州保税区，由海关监管。7月8日，广州保税区在广州开发区的东北部举行隆重的奠基典礼，拉开广州保税区招商引资的序幕。1993年5月10日，广州保税区正式封关运营，园区面积1.4平方公里。
2023年10月30日，国务院正式批复同意广州保税区、广州出口加工区整合优化为广州知识城综合保税区，规划面积 0.82平方千米。广州知识城综合保税区验收合格后不再保留广州保税区、广州出口加工区，成为广州开发区第2个国家级对外开放平台，开启发展新征程。
广州保税区自设立以来，顺应中国经济在全球化的作用和地位变化，在吸引外资，促进贸易自由化、提升经济竞争力、推动经济资源优化配置和互利共赢方面发挥了积极作用。